Отдел неотложной хирургии детского возраста, руководитель – доктор медицинских наук, профессор Хабибулла Атауллаевич Акилов. Осуществляется неотложная медицинская помощь детям с острыми заболеваниями органов ЖКТ, острыми заболеваниями органов грудной клетки, мочевыводяших путей. Широко внедрены малоинвазивные оперативные вмешательства, лапароскопия при острых хирургических патологиях, торакоскопия при повреждениях и воспалительных заболеваниях органов грудной клетки, эндоскопические вмешательства при желудочно-кишечных кровотечениях различного генеза. Ведутся научные изыскания по усовершенствованию диагностики и лечения закрытых травм живота, осложнений язвенной болезни у детей, бактериальной деструкция легких.